故事描述日本安平時期遭忌受陷、齎志而歿的天才棋士藤原佐為，為了繼續追求自己的理想而重返人間，附身在一個對圍棋一無所知、名叫進藤光的孩子身上，並與其它有志於角逐圍棋最高境界的人相競爭的情形。
當時圍棋界聲譽最高的是塔矢行洋（名人），他的兒子塔矢亮在父親成就的影響下，也致力於追求圍棋的最高藝術。塔矢亮與進藤光一樣年輕，但實力卻早已逼近職業棋士的等級，然而進藤光在佐為附身到他身上後，以「古老的定石，遠遠凌駕於一般人之上的棋力」輕易挫敗塔矢亮，當然，這畢竟是佐為的能力，不是進藤光的實力，然而不解的進藤光竟說出輕蔑職業棋士的話，讓塔矢亮相當氣憤，他說，「什麼叫隨便當一下職業棋士，你知道其中的痛苦嗎？忍耐、努力、辛酸、苦衷，一直跟那種幾近絕望的痛苦戰鬥著，最後卻還是有人沒辦法成為棋士。我一直在父親身邊看著，而你卻…，我也是有了這樣的覺悟才，從小的時候開始每天每天，不停地下好幾個鐘頭的圍棋，不管多麼地痛苦也一直下著，為什麼我會輸給這種人？」之後便將進藤光視為競爭對手不斷努力。在一次比賽中塔矢亮更直接指名挑戰進藤光，此時進藤光想試試自己的實力，結果進藤光被打得落花留水，在被失望至極的塔矢亮羞辱之後，進藤光意識自己實力的不 足，便開始全力追趕塔矢亮。
在佐為的指導下，進藤光進步神速，後來更成為院生，雖然一度遇到瓶頸，但最終都能脫穎而出，並成為可與塔矢亮相提並論的職業棋士，但進藤光和當初的他不一樣了，他只想自己追求圍棋最高境界，不想再讓佐為代為捉刀。
初為棋士的進藤光，成為塔矢名人指定要對奕的對象，在佐為的強力要求下，進藤光要佐為在「不接受讓子」的情況下來對奕，結果佐為輸了，塔矢名人卻感覺到進藤光特別的意圖，期望下次能採「分先」（互不讓子，平等競爭）的方式開始。
後來塔矢名人在十段頭銜賽中累倒住院，卻也有機會接觸網路圍棋，在此之前，進藤光便曾在網路上以sai的名稱讓佐為稱霸網路圍棋，趁著這個機會，進藤光便想再讓佐為挑戰塔矢名人一次，塔矢名人對自己的實力相當有自信，更向進藤光保證，他將全力以赴，不然就引退。
塔矢名人與網路圍棋高手sai的對奕，引起圍棋界軒然大波，結果塔矢名人不敵，佐為終於實現了他的理想，他擊敗了這個和他一起追求「神之一手」的男人。這似乎是上天刻意的安排，為了要讓進藤光看見藤原佐為和塔矢名洋（名人）的這場對奕，所以才讓佐為重返人間，如今功成身退，上天也決定結束佐為在人間的使命，佐為消失了！
似乎有太多過去不懂得珍惜，等到失去後才悔恨不已的例子。佐為的消失讓進藤光極度後悔，懷憂喪志並放棄了圍棋，這讓宿敵塔矢亮相當不滿，但也無可奈何。之後在一個圍棋朋友的要求下，進藤光進行了在晉級棋士的比賽中，讓彼此感情破裂的一場比賽，結果進藤光竟然在當中找到了佐為的影子，為了追憶佐為，他結束沉溺的悔恨並收歛過去的傲慢 ，重拾圍棋，並朝「神乎其技」的境界來邁進。
在後來的北斗盃中，各國年輕天才棋士齊聚一堂共較高下，這是進藤光與塔矢亮首度並肩作戰，在韓國棋士高永夏對本因坊秀策（即佐為之前附身的對象，古代天才棋士）的故意侮辱下，進藤光強烈的鬥志被激起。高永夏的實力原本就極為堅強，可與塔矢亮相提並論，更曾獲得塔矢名人的認可，但他卻未料到這個名不見經傳的進藤光竟然如此了的，可以將他數次逼到困境，最後高永夏仍以半目之差勝進藤光，進藤光憎恨自己未能為佐為洗刷恥辱，此時高永夏問了進藤光為何如此執著，進藤光淚流滿面，答：「為了遠古的過去， 與遙遠的未來，承先啟後，所以有我。」這個回答沒有獲得任何同情，只換來譏笑與訕罵。
「雖然心存敬畏，卻依然敢於面對強手，一個人只有在這種情況下才能成長。以前的你並沒有這種鬥志，以顫抖之身追趕，懷敬畏之心挑戰，只有這樣你才能更加接近神之一招。 」最終一幕，佐為的聲音突然又出現了，「聽到了嗎？聽到我的聲音了嗎？」雖然沒有下文，但卻留給讀者無限的想像空間。
「神之一手，由我實現」這是進藤光最終的願景。
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